2017年，该市首位度产业医药制造业继续保持蓬勃发展势头，全年累计实现产值342.1亿元，同比增长29.6%，累计实现工业增加值77.8亿元，同比增长15.9% ，比全市平均水平高5.5个百分点，对全市经济增长贡献率达37.6%，拉动全市规模工业增长3.9个百分点。
全市现代中药产业规模工业企业达157家，占全市规模工业企业（1032家）的15.2%，较2016年新增规模工业企业18家，新增企业占全市新增规模工业企业总数的12.9%。
北京同仁堂、康美药业、珍宝岛药业、修正药业、九州通药业等55家全国中药百强企业落户亳州;中药饮片年产量35-40万吨,约占全国的30%。全省唯一的中药配方颗粒基地启动建设,5家企业获批为省级中药配方颗粒生产企业。“现代中医药及健康产业亳州专板”正式开板,挂牌交易中医药企业145家。
2017年，安徽九方制药有限公司的葛酮通络胶囊、亳州市沪谯药业有限公司的“奇珍”牌中药饮片等4个产品被认定为安徽工业精品，亳州市沪谯药业有限公司等5家被认定为省级企业技术中心，市东方帝维生物制品公司猪伪狂犬病耐热保护剂活疫苗（HB2000株）被认定为省级新产品，安徽亳州浙皖中药饮片股份有限公司、安徽谓博中药股份有限公司等8家企业被认定为专精特新中小企业。
全市目前现有国家级中药类工程研究中心2个、省级企业技术中心和省级工程技术研中心49个、CNAS认证检测中心2家、高新技术企业24家, 中药类院士工作站5个、博士后工作站5家,现有药品批准文号204个,待转药品批文347个,其中省食药监局已认定并受理品种147个,在研新药品种13个。济人药业疏风解毒胶囊专利荣获国家专利金奖,九方制药牡荆素填补了全省中药一类新药的空白。